由来自中国、美国、荷兰、意大利、以色列等14个国家的300多位科学家组成的“番茄基因组研究国际协作组” 历经8年多的艰苦努力，完成了对栽培番茄全基因组的精细序列分析。在解码的番茄基因组中共鉴定出约3万5千个基因，其中97%以上的基因已经精确定位到染色体上。进化分析表明番茄基因组经历的两次三倍化使基因家族产生了特异控制果实发育及营养品质的新成员。协作组同时绘制了栽培番茄祖先种野生醋栗番茄基因组的框架图，为在育种中进一步利用野生资源的优异基因提供了有力的工具。

　　番茄是研究果实发育和成熟过程的经典模式植物，其基因组的解读是继拟南芥和水稻之后，科学家通过国际合作完成的又一个高质量的模式植物的基因组序列分析，对于不同物种之间的比较基因组学研究具有重要价值。这项工作将极大推动番茄乃至包括马铃薯、辣椒、茄子等在内的茄科植物的功能基因组研究，为培育具有高产、优质、抗病虫害、抗逆等优良性状的番茄新品种打下了良好的基础，对推动全世界的番茄生产具有重要意义。

　　这项成果于2012年5月31日以封面文章发表在Nature。中国科学院遗传与发育生物学研究所李传友研究员和薛勇彪研究员作为中方协调人负责番茄第3号染色体的测序工作。参加3号染色体测序工作的还有中国科学院遗传与发育生物学研究所的陈明生研究员、程祝宽研究员、左建儒研究员、凌宏清研究员、中国科学院武汉植物园的王瑛研究员、中国科学院国家植物基因研究中心的韩斌研究员、北京市农林科学院蔬菜研究中心的李常保研究员、青岛农业大学的姜国勇教授、山东省农业科学院蔬菜研究所的高建伟研究员、四川大学的刘永胜教授等。这项研究得到植物基因组学国家重点实验室和科技部863项目的资助。