植物基因组学国家重点实验室于2003年12月31日经科技部正式批准进行建设。2006年1月20日科技部基础研究司在中国科学院遗传与发育生物学研究所组织对植物基因组学国家重点实验室的建设进行现场验收。
　　科技部基础研究司叶玉江副司长率领基础司基地建设处王静和杜鹏等科技部领导组织验收。中国科学院李家洋副院长、计划局吕永龙局长、计划局基地建设处候宏飞处长、计划局装备处缪永贵处长、生物局农业生物处段子渊处长等相关领导参加了验收会议。中国科学院遗传发育所薛勇彪所长、张爱民副所长和中国科学院微生物学研究所高福所长代表依托单位领导参加了验收活动。参加验收活动的还有朱立煌、陈受宜、王斌、朱祯、何朝族等植物基因组学国家重点实验室研究员。
　　叶玉江副司长首先介绍了验收工作的重要意义并强调国家重点实验室建设与国家"十一五"规划紧密结合的指导思想。王静对实验室验收程序、要求和注意事项等作了具体介绍。
　　以张启发院士为组长的专家组（韩斌研究员、贾士荣研究员、屈良鹄教授、种康研究员、于嘉林教授及马正强教授）认真听取了植物基因组学国家重点实验室主任方荣祥院士的工作汇报，考察了实验室的建设情况并与实验室人员、主管单位与依托单位管理人员进行了座谈。经过认真讨论，专家组认为植物基因组学国家重点实验室已在科学研究、队伍建设、科研条件建设和运行管理及开放交流等方面超额完成了原定建设计划，一致同意通过建设验收。
　　薛勇彪所长、高福所长、段子渊处长、候宏飞处长分别代表依托单位和主管部门，感谢科技部及科学家们多年来对实验室的支持及贡献，并表示将一如既往尽最大努力继续重视和支持植物基因组学国家重点实验室的建设与发展。
　　最后，王静代表科技部首先祝贺实验室顺利通过专家验收，并对实验室近几年的快速发展及其在国际国内的影响给予了充分的肯定。她建议实验室的各课题组之间及与兄弟单位之间进一步加强合作，争取共同主持承担国家重大的科研任务，使实验室更好地发挥国家重点实验室的中心引领作用。