高性能计算集群技术讲座(时间:2014年7月9日13:30-16:00)

  讲座时间:2014年7月9 日 下午13:30-16:00 地点: B-210

  上机时间 2014年7月10日9:00-16:00.有需要上机的同学或老师,请于7月7日前发送邮件至yangxin@genetics.ac.cn进行报名,上机实验地点将根据报名人数另行通知(此次上机实验不会产生任何机时费用)。

  联系人 杨鑫 64887292 yangxin@genetics.ac.cn

 

  报告一 高性能计算集群介绍

  报告人:杨鑫

  报告人简介:杨鑫,高性能计算集群系统管理员,负责高性能计算集群的管理维护,对集群的管理、使用、维护具有丰富经验。

  内容简介:

  介绍我所新购置高性能计算集群的总体概况、登录方式、收费标准及优惠信息。

 

  报告二 集群使用方法

  报告人:姜金良

  报告人简介:姜金良,博士,曙光信息产业(北京)有限公司解决方案中心高性能计算方案部工程师,负责生命科学领域高性能计算解决方案规划、用户技术支持、高性能计算技术研究等工作。实施管理过多套高性能计算集群,在集群的配置与管理等方面具有丰富经验。

  内容简介:

  1.Linux Shell编程

  Linux shell——bash的基本结构和语法,涵盖bash的执行方式、变量、函数、输入输出、分支判断和循环等流程控制等内容,此外还会介绍regex正则表达式,以及grep、sed、awk等Linux下常用的字符和数据处理工具。

  2.作业调度

  如何通过作业调度系统提交作业,介绍PBS的基本原理,编写PBS脚本的基本语法规范,如何提交作业、删除作业等内容。

 

  报告三 Seqkit- 可订制化的数据分析工具

  报告人:戴莲

  报告人简介:戴莲,女,硕士,毕业于中国农业科学院。2009年至2014年在华大基因任职,从事基因测序数据分析及后续技术支持工作。在华大工作期间,参与编写《基因组学》一书,并负责其中单子叶植物基因组研究进展章节的编写。2014年加入华弈生物科技,主要负责高通量转录组测序、外显子组测序数据分析的相关工作。

  内容简介:

  SeqKit平台是华弈推出的高通量测序综合数据分析软件,目前已经部署在平台公用服务器上,并可以对外提供服务。该系统包含了丰富的软件模块,涵盖了主要的生物信息研究方向,为数据分析工作人员提供了广阔的定制选择。其高度整合的分析工具、全面的数据库系统、高体验的界面,使得用户只需要轻松的进行设定并提交计算任务,就可以得到分析结果。1.Seqkit的基本使用方法;2.如何通过web面板订制分析流程以及共享分析流程;3.如何使用单个分析模块分析数据;4.如何创建工作流并使用工作流;5.结合案例进行演示。

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