| 序号 | 共建机构名称 | 合作方 | 合办机构工作内容 | 成立时间 |
| 1 | 中科院遗传发育所浙江嘉兴农作物高新技术育种中心 | 浙江省嘉兴市人民政府 | 以水稻为研究开发的重点作物，逐步拓展到其它主要作物种类（如蔬菜、花卉、果树苗木等），使中心逐步成为嘉兴市乃至长三角主要农作物高新技术育种的研究、开发与成果转化中心之一 | 2005 |
| 2 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所扬州农业高新技术育种中心 | 扬州大学、江苏省沿海地区农业科学研究所、江苏红旗种业有限公司 | 以水稻为研发的主要目标作物，有条件时可扩展到其它作物,包括花卉、蔬菜等 | 2005 |
| 3 | 中国遗传研究所--国家杂交水稻工程技术研究中心水稻设计育种联合研究中心 | 国家杂交水稻工程技术研究中心 | 一方面将把传统的杂交水稻技术与分子生物技术有机地结合起来，加快新一代的高产优质的超级杂交水稻的培育，；另一方面，开展基因工程水稻的产业化尝试。 | 2005 |
| 4 | 浙江农科院和遗传发育所生物技术联合研究中心 | 浙江省农业科学院 | 主要以水稻、油菜等主要农作物和蔬菜、水果等经济作物为研究对象，围绕植物功能基因、作物分子育种、重要病原菌基因组学、植物代谢工程、有害生物分子生物学等方面以及双方有兴趣的其它领域开展研究 | 2006 |
| 5 | 河北石家庄植物分子育种中心 | 石家庄市农业科学研究院和河北省农林科学院 | 以小麦、棉花、大豆等为研发的主要目标作物，有条件时可扩展到其它作物, 包括花卉、蔬菜等 | 2006 |
| 6 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所天津植物分子育种中心 | 天津市农科院 | 主要以西红柿、水稻、耐盐绿化林木等为研发对象，围绕生态农业和优质高效农业对植物品种的要求，进行相关基因的克隆或分子标记，选育出符合生产要求的高水平的植物新品种，并迅速推广和产业化开发 | 2006 |
| 7 | 中科院遗传发育所-新疆农垦科学院分子农业技术育种中心 | 新疆农恳科学院 | 以棉花为研发的主要目标作物，有条件时可扩展到其它经济作物（番茄、葡萄等）和动物等，选育符合农业生产实际需求的具备抗旱、抗寒、抗冻、早熟、高产等综合优势性状的棉花新品种 | 2006 |
| 8 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所湖南亚华高新技术育种中心 | 湖南亚华种业科学研究院、湖南亚华种子有限公司 | 以水稻为研发的主要目标作物，有条件时可扩展到其它作物,包括油菜、棉花等 | 2007 |
| 9 | 中国科学院北方粳稻分子育种联合研究中心 | 黑龙江省农科院 | 构建实用、经济、高效的分子育种技术体系，培育高产、优质、多抗的粳稻新品种，提升黑龙江省水稻的单产潜力，为东北水稻的持续高产提供强有力的科技支撑 | 2008 |
| 10 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所赵县小麦育种基地 | 赵县人民政府、赵县农业科学研究所 | 利用河北省赵县农科所试验田，用于中科院遗传发育所建立优质、高产、抗逆小麦新品种、新技术和新成果试验示范基地。联合开展重大农业科研、农业技术推广及农业产业化项目的申报和实施。 | 2010 |
| 11 | 天津大动物联合研发基地 | 天津市奶牛发展中心 | 合作开展奶牛高产优质抗病新品种（系）、世界顶级公牛及世界珍稀牛种种质资源培育等领域的研究，同时加强性别控制、分子标记辅助选择、亲子鉴定、重要功能基因鉴定与利用、优质胚胎体外生产等方面的关键技术研、系统集成和工程示范及其应用推广等方面合作，以显著提高我国在优质奶牛及其他世界珍稀牛种质资源培养方面的基础理论研究水平和滨海城市奶牛快速繁育关键技术研究与应用水平，充分发挥骨干作用和示范带头作用。 | 2010 |
| 12 | 内蒙古“超级奶牛”育种基地 | 内蒙古和林格尔县人民政府、内蒙古犇腾牧业有限公司 | 利用国际顶级荷斯坦奶牛种质材料和现代良种快繁技术定向改良繁育高产奶牛群，使核心种群产奶性能达到国际先进、国内领先水平，创建北方“超级奶牛”现代奶业发展模式，进一步增强中国“乳都”核心区和林格尔县的乳业产业竞争力。 | 2011 |
| 13 | （青岛）作物分子育种联合中心 | 青岛农科院 | 促进双方科研水平提高，为解决我国经济作物，特别是高品质蔬菜需求提供支撑。 | 2012 |
| 14 | 常州中心 | 常州市人民政府、常州国家高新技术产业开发区 | 凝聚现代农业与再生医学两大板块，根据长三角区域经济特点和市场需求，以促进区域农业结构调整、产业升级和组织工程修复与再生治疗为目标，探索创新科研产业化模式，形成技术研发、标准制定、体系建立以及新产品示范等上中下一体化的现代科技产业孵化中心。 | 2014 |
