根据中国科学院知识创新工程全面推进阶段北京生命科学研究基地建设的总体部署，为了进一步加强遗传学和发育生物学的发展及学科间的紧密结合，调整学科布局，凝炼科学目标，不断提高创新能力和水平，使遗传研究所和发育生物学研究所在体制和机制上加快改革步伐，争取确立其在中科院知识创新工程及我国生命科学发展中的战略地位，2001年，经中国科学院党组研究决定并报中央机构编制委员会批准，将遗传研究所与发育生物学研究所整合，组建了中国科学院遗传与发育生物学研究所。2002年，中国科学院又将原石家庄农业现代化研究所并入新组建的遗传与发育生物学研究所（简称遗传发育所）。遗传发育所历任所长李家洋（2001～2004）、薛勇彪（2004～2014）、杨维才（2014~2023）。
目前，共有90个创新研究组。职工535人，其中院士5人，国家杰出青年科学基金获得者30人。现设有2个一级学科生物学和一级学科农业资源与环境博士学位授权点，1个一级学科作物学硕士学位授权点和1个专业学位硕士授权点，并设有一级学科生物学博士后流动站。共有在读研究生811人（其中硕士生240人、博士生571人），在站博士后128人。
遗传发育所瞄准农业可持续发展和人口健康的国家重大战略需求，针对重要农艺性状分子机理、细胞分化与器官发育、生物分子网络、动植物品种设计以及农业资源高效利用等领域的关键科学问题，开展原始创新和集成创新研究，提出和发展具有重大影响的科学理论和概念；建立和完善动植物品种分子设计和培育的方法、重要遗传疾病研发以及农业资源高效利用的技术体系。
研究所下设基因组生物学、分子农业生物学、发育生物学、分子系统生物学和农业资源5个研究中心；拥有植物基因组学（与微生物所合建）、植物细胞与染色体工程、分子发育生物学3个国家重点实验室、中国科学院农业水资源和河北省节水农业2个院省级重点实验室和河北栾城农田生态系统国家野外观测试验站；是国家植物基因研究中心（北京）的依托单位。
一、原遗传所机构沿革
中国科学院遗传研究所（简称遗传研究所）成立于1959年9月25日，其前身是创建于1951年7月的中国科学院遗传选种实验馆，地址在北京海淀区复兴门外北蜂窝，借用前燕西农业职业学校校址作为实验室，乐天宇为馆长。
1952年9月，实验馆更名为中国科学院遗传栽培研究室，隶属于中国科学院植物研究所，冯兆林任研究室副主任。
1953年2月，遗传栽培研究室由北蜂窝迁入前华北农业科学研究所（中国农业科学院的前身），与该所建立合作关系，人员分散到该所的部分研究室。
1955年12月，因中国科学院进行机构调整，遗传栽培研究室中的栽培部分调整到前西北农业生物研究所，1956年5月“遗传栽培研究室”更名为“遗传研究室”，仍归植物研究所领导，由前华北农业科学研究所副所长祖德明兼任遗传研究室主任。1958年3月搬进中关村，借用力学所大楼的一部分为实验室和办公室，并在附近创设了一个有40余亩耕地的临时性农场。
1958年10月，经院党组批准，由祖德明、梁正兰、谷峰秀和陈英组成遗传研究室领导小组，为组建遗传研究所准备了条件。1958年12月，遗传研究室领导小组向中科院裴丽生秘书长并院党组提交了遗传研究室扩建为遗传研究所的报告。1959年6月17日，第7次院常务会议通过并报请国家科委批准。1959年9月25日，国家科委、中国科学院分别正式行文，组建成立中国科学院遗传研究所。钟志雄任专职副所长，祖德明为兼职副所长。胡含、李振声院士、陈受宜、李家洋等曾先后任遗传研究所所长。
新成立的遗传研究所全所研究人员41名，技术人员60名。在原来主要从事作物栽培和遗传育种研究基础上增加了动物、微生物遗传研究内容。设置了五个实验室：一室主要研究植物有性过程的遗传变异规律及其在育种上的应用；二室主要研究生活条件对植物性状形成和发育的作用；三室主要研究遗传物质的结构、功能及诱变规律；四室主要研究无性过程的遗传变异规律及其在育种上的应用；五室主要研究电离辐射的遗传效应及其机制与防护。
二、原发育所机构沿革
20世纪70年代末，由我国著名实验胚胎学家、原中国科学院副院长童第周教授倡导，在中国科学院支持、美国洛克菲勒基金会资助下，中国科学院发育生物学研究所于1980年3月在北京正式成立。
1978年秋，童第周教授和合作者美国坦普尔大学（The Temple University）牛满江教授联名向中国科学院和中央书面建议，希望能在北京建立一个现代化的发育生物学研究所。他们建议从国外取得部分资金帮助新建研究所，以便更好地促进新建研究所的发展和推动国际学术的交流，成为未来这一研究领域的一个国际学术交流中心。
中国科学院秘书长郁文同志签发并向国务院呈送了“关于建立中国科学院发育生物学研究所的请示”报告。经华国锋、李先念、余秋里、耿彪、王震、方毅等领导的审批，报告于1979年7月29日被批准并下达（[79]科发计字0897号）。院办公厅于1979年6月11日向全院发文通知成立中国科学院发育生物学研究所（下简称发育所）筹建处并启用印章（[79]]科办字014号），至此发育所的筹建工作即全面展开。鉴于童第周教授不幸于1979年3月逝世的情况，中国科学院于1979年6月22日下达了《关于庄孝僡等同志组成发育生物学研究所筹建处领导小组的通知》（[79]科发干字0853号），由该领导小组负责发育所的全面筹建工作。之后，1979年8月14日院下达《关于建立发育生物学研究所的通知》（[79]科发计字1136号），1980年3月20日院下达启用《中国科学院发育生物学研究所》印章的通知（[80]科发办字0362号）。1980年10月29日院下发文件任命庄孝僡教授兼任中国科学院发育生物学所所长（[80]科发干字1619号）。严绍颐、孙方臻曾担任发育生物学研究所所长。
中国科学院在批准新建中国科学院发育生物学所的通知中指出：“我院童第周副院长生前与美国坦普尔大学牛满江教授共同提出建议，希望在他们两人合作进行的发育生物学研究工作的基础上，在我院单独建立一个比较先进的发育生物学研究所。
三、原石家庄农业现代化研究所机构沿革
1978年，迎来了“科学的春天”，在全国科学大会前夕，时任国务院副总理、主抓科技与教育工作的邓小平同志，为了加强农业综合研究能力、适时转化农业科研成果、推进我国农业现代化建设，逐步解决我国粮食和农产品总量不足等问题，指示中国科学院组建农业现代化研究单元。我院认真落实小平同志的指示精神，在院层面成立了农业研究委员会，并积极着手筹备组建农业现代化研究机构。经报请党中央批准，中国科学院于1978年6月选址河北省石家庄市成立了中国科学院栾城农业现代化研究所，1979年更名中国科学院石家庄农业现代化研究所（实行中国科学院和河北省双重领导），郭敬辉、曹振东和刘昌明院士曾先后担任石家庄农业现代化所所长。
我院为了适应国家经济建设和发展农业现代化的需求，全面落实邓小平同志提出的“科学技术是第一生产力”的科学论断，解决多年来基础研究与应用推广的断层问题，将石家庄农业现代化研究所定位在应用研究层面，承接我院基础类研究所的科研成果与技术，在栾城农业现代化基地县试验、示范集成组装，形成适宜该区域农业生产条件的农业现代化模式和关键技术，目的是为我国华北地区农业现代化探索出一条切实可行的路子，在国家的农业生产恢复和农业现代化进程中发挥科学院的作用。根据院里的具体要求，学科设置以农业资源和农学为主，下设：农业资源研究室、农业生态研究室、农业机械化研究室、农业经济研究室、农业新技术研究室，并建立了栾城试验站。
研究方向：农业现代化建设
重点领域：农业资源、农业生态、农业机械化、农业经济。
